《基地第三季》故事发生在第二季结束后的152年，基地组织在银河边缘迅速崛起，成为宇宙中一股强大的力量。与此同时，曾经辉煌的克里昂王朝帝国正在走向衰落。在这两大势力之间，一个名为“骡子”（The Mule）的军阀崛起，他凭借强大的军事力量和心灵控制能力，企图统治整个宇宙。